¿Como recortar un video por línea de comandos en Linux?

La forma mas fácil, usar ffmpeg:

ffmpeg -i input.mp4 -ss 00:00:00 -to 00:08:48 -c copy output.mp4

En este caso, generamos una copia de una parte del video original, desde su inicio (00:00:00) hasta el la posición indicada por -to (00:08:48). La herramienta es mucho mas completa que esto, se puede buscar mas en su documentación oficial: https://ffmpeg.org/ffmpeg.html